Hulemalerier funnet i norske fjell beviser at mennesket allerede for over fem tusen år siden drev med jakt på ski, fordi det ga de beste forutsetningene for å forfølge villdyr i snøen. Uten at historikerne har viet det særlig interesse, er det en interessant hypotese at ski var en avgjørende teknologi som gjorde det mulig for mennesker å bosette seg i Norge etter hvert som snøen trakk seg tilbake ved slutten av siste istid. Pionerene ventet ikke på at isen skulle forsvinne, men oppsøkte dyrene der de var, ved hjelp av ski.

De første skriftlige kildene som omhandler skiskyting finner man rimeligvis ikke i den norske kulturkrets, men i stedet hos klassiske kinesiske, greske og romerske forfattere av ulike slag. Den store romerske poeten Vergil, Julius Cæsars samtidige, skrev for eksempel i ett av sine dikt om jakt på ski. Man finner imidlertid også avbildninger av skiløpere med pil og bue på gamle norske runestener.

Opprinnelsen til skiskyting som sport finner man imidlertid i militæret heller enn i jakten. Allerede i begynnelsen av vikingtiden forsvarte nordnorske menn seg på ski mot tallmessig overlegne vikinger sørfra. Fra middelalderen finnes det beretninger om hærstyrker på ski både i Skandinavia og Russland. På 1700-tallet ble det hele i langt større grad profesjonalisert, og man fikk skisoldater som var gode både på ski og i skyting. I krigene mellom Danmark-Norge og Sverige hendte det tidvis at grensestrøkene mot Sverige var åsted for alvorlige kamper mellom skiskyttere. Dette ble utgangspunktet for konkurranseidretten som utviklet seg på 1800-tallet.

Helt frem til 1800-tallet var kombinasjonen ski og skyting imidlertid forbeholdt jakt og militære formål, ikke organisert idrett. Det er viktig å huske på i en tid der man ofte glemmer de historiske røttene. Den første skiskytterklubben i hele verden var Gevær- og skiklubben Trysil, som ble stiftet i 1861. Etter hvert vakte den nye idretten også oppsikt og interesse i andre land, kanskje særlig i Tyskland som den tiden var ganske militarisert. I begynnelsen var alle konkurranser for lag, det var først på begynnelsen av 1900-tallet at man kom på muligheten for individuelle konkurranser. Det virkelige gjennombruddet for sporten var likevel industriell masseproduksjon av langrennsski, som startet i Østerrike i 1906.

Da skiskyting kom med i de første vinterlekene, var det fortsatt med et sterkt militært preg. Man hadde lag på fire personer, streng tatt en patrulje, med en offiser, en underoffiser og to soldater. Her gikk man en ganske lang distanse, ofte 30 kilometer, med bare én liggende skyting. Det var hverken tilleggsminutter eller strafferunder, i stedet fikk de som traff godskrevet et halvt minutt på sin tid.

Etter andre verdenskrig fikk Europa et litt annet syn på glorifiseringen av krig, og skiskyting som idrett ble ganske raskt avmilitarisert. For første gang ble det aktuelt å la sivile idrettsmenn delta. Et internasjonalt forbund for vinterfemkamp ble grunnlagt så tidlig i 1948, her inngikk i tillegg til skiløp og skyting også fekting, ridning og utfor! Fra dette utviklet så skiskytingen seg til den sporten man kjenner i dag på 1950-tallet.